Du solltest zuerst so viel wie möglich von der eigentlich "defekten" Floppy lesen und sichern.
Danach kannst Du die Diskette komplett neu formatieren.
Und dann wieder das vorher gerettete (auch wenn einzelne Sektoren als "kaputt" gelesen wurden) auf die frisch formatierte Diskette wieder schreiben.
Am Schluß versuchst Du dann wieder den Bootsektor (einer anderen Diskette) drauf zu schreiben.
Wenn schon das Formatieren schief läuft wird das aber nichts mit dem Sektor "reparieren".
Du kannst ja mal versuchen, die Diskette im "Sleeve" (also in der eigentlichen Diskettenhülle) zu drehen und zu schauen, ob Du was mechanisch defektes (also bspw. Kratzer oder ein Loch oder ähnliches) siehst.
Letztendlich hast Du aber mit einem Windows-PC mittelfristig da wenig Chancen, näher am Disk-Controller sozusagen mit anderen Methoden die Diskette auszulesen. Dafür ist ein DOS-PC einfach besser geeignet, da ist auch die Auswahl an speziellen Kopierprogrammen größer.
Leute mit einem Catweazel-Controller (habe ich nicht) oder auch mit Options Board (habe ich) sind da auch in der Lage, den "Bitstrom" der Diskette auszulesen, was meist ein besseres Ergebnis in Sachen Erstellung einer Kopie erzeugt.
Für Windows kannst Du Dir auch mal Thomas Seite zum Thema "Greazeweazle" anschauen: https://retrocmp.de/hardware/greaseweazle/greaseweazle.htm
Diese Hardware ermöglicht Dir auch unter Windows Disketten "bitweise" auszulesen (und zu schreiben).
In Deutschland gibt es leider keinen "Store/Shop" für das Teil, aber in Spanien (ist ja noch EU) schon, bspw. https://amigastore.eu/en/894-greaseweazle-v4.html oder in der Niederlande https://www.retro-updates.com/…dapter-flux-reader-writer ...