War das jetzt mit oder ohne Controller?
I/O Select könnte sein, es wird ja die Firmware auf dem Controller ausgeführt und damit Adressen bei $Cnxx angesprochen - natürlich nur wenn der Controller drin steckt 
Wenn nicht, dann guckt das Autostart ROM dort nur kurz, um zu sehen, ob es einen Disk Controller findet.
Phi0 sieht okay aus, ist ein bisschen viel Gezappel drauf, was aber von der Messung kommen kann. Tastkopf steht auf 1:1? Wo hast du Probe GND angeschlossen?
Phi1 dito. Eine bessere Darstellung kriegst du vermutlich im single-shot Mode des Oszi.
7M kann das nicht sein, ist ja ein 1MHz Rechteck. Die beiden letzten Bilder sehen gleich aus.
Mach das doch nochmal und guck dabei auch den Device Select Pin an. Auf dem müsste ebenfalls Action sein, weil die Firmware darüber die Hardware auf der Floppy anspricht, z.B. die Phasen des Steppers, um den Kopf auf die äußere Spur zu positionieren.
Dreh auch mal die Y-Verstärkung hoch, damit man den Nebel auf low und high besser auf TTL Pegelgrenzen abschätzen kann.
Wenn du auf Device Select nichts findest, benutze einen Kanal als Trigger und I/O Select als Triggersignal. Dann weißt du wenigstens wo die Action beginnt.
wenn wir uns einmal persönlich treffen.. gebe ich ein Bier (oder 2) aus 
)
"Ergebnis" 
du hast dir dein zweites Bier auch schon verdient 
